2014年12月4日至10日，省林业厅保护处、资源处、省森林公安局、省野生动植物管理局、省生态环境监测监督管理局、省林政稽查总队等部门和祁连山管理局组成联合督查组，对祁连山自然保护区内建设项目清理整顿工作进行了清理督查。查分东、西两组组历时5天深入天祝、肃南、永昌3县的9个自然保护站对33个建设项目实地进行了调查和核实，检查的项目涉及保护区成立之前的矿山以及保护区成立以后各个时期修建的水电站、水库、旅游设施等建设项目。

现地督查结束后，省林业厅在12月9日和10日分别在张掖和武威召开了保护区建设项目清理督查工作座谈会，分别邀请张掖市、武威市以及肃南县、天祝县、永昌县林业、国土、环保部门的负责人，肃南县人民政府和天祝县人民政府分管国土的领导参加了会议。

座谈会上督查组介绍了保护区建设项目清理整顿工作的背景和目的。祁连山保护区管理局介绍了清理整顿自查情况。督查组指出，此次祁连山自然保护区建设项目清理工作是2014年6月国务院批复和10月环保部向社会公布了祁连山部级自然保护区范围和功能区划后，省林业厅为规范和加强祁连山保护区管理做出的具体工作部署。建设项目清理工作历时一个多月，基本查清了保护区内建设项目现状，根据国家法律法规和政策规定提出了相应的处置意见，要求各相关地方政府及各部门对违反保护区管理规定的建设项目依法关闭和补办林业有关手续，对地方经济贡献大、关闭有困难的历史遗留建设项目，提出具体意见报省林业厅，由省林业厅汇总提出妥善解决办法上报省政府决定。今后，保护区各级管理部门要严格按照国家批复的保护区范围和功能区划，按照自然保护区法律法规和政策规定，对保护区进行依法规范管理。省厅督察组全体成员及祁连山保护区有关保护站负责人参加了座谈会。